PrEP bekerja dengan cara membangun kadar obat antiretroviral di dalam tubuh sebelum terjadi paparan HIV. Kandungan aktif seperti tenofovir disoproxil fumarat dan emtricitabine termasuk dalam golongan NRTI (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors).
Ketika seseorang yang menggunakan PrEP terpapar HIV, obat yang sudah berada di dalam aliran darah dan jaringan tubuh akan menghambat proses replikasi virus sejak tahap awal. Secara spesifik, PrEP menghambat enzim reverse transcriptase yang dibutuhkan virus HIV untuk memperbanyak diri.

Dengan terhambatnya proses tersebut:
Virus tidak dapat berkembang biak secara efektif
Virus tidak dapat membentuk infeksi permanen dalam tubuh
Risiko terjadinya infeksi HIV menurun secara signifikan
Agar efektif, PrEP harus dikonsumsi secara konsisten sesuai anjuran, sehingga kadar obat dalam tubuh tetap stabil dan mampu memberikan perlindungan optimal.